Pour créer un environnement naturel pour les espèces marines, il faut s’assurer que la qualité de l’eau et la structure du récif sont correctes dans le biotope marin.
Pour maintenir l’eau de mer propre, il est nécessaire d’éliminer les résidus tels que les restes de nourriture, les excréments et les substances polluantes du circuit d’eau. Pour ce faire, on utilise des installations de filtration. L’eau s’écoule sur des micro-organismes nitrifiants et est ainsi purifiée. L’eau est ensuite filtrée par un filtre multicouche composé de charbon actif et de sable de quartz, puis traitée par des installations UV pour la désinfection. Rien que dans l’aquarium à requins, un million de litres d’eau circulent en seulement une heure, ce qui signifie que la quantité totale d’eau passe au moins deux fois à travers le filtre en une heure. Une grande capacité de filtration est nécessaire, car il n’est pas possible d’utiliser un traitement avec des désinfectants dans les aquariums, étant donné que ceux-ci pourraient être nocifs pour les poissons.
Des pompes centrifuges sont utilisées pour faire circuler l’eau. Ces pompes assurent un débit régulier de l’eau de mer. Comme elles ne comportent pas de pièces métalliques en contact avec le milieu, elles ne peuvent pas non plus libérer de métaux nocifs dans l’eau, lesquels peuvent entraîner des problèmes considérables, notamment chez les espèces de poissons fragiles.