Para crear un entorno natural para la vida marina, hay que asegurarse de que la calidad del agua y la estructura del arrecife en el biotopo marino sean correctas.
Para mantener limpia el agua de mar, hay que eliminar del circuito de agua residuos, como restos de comida, heces y contaminantes. Para ello se utilizan sistemas de filtración. El agua fluye a través de microorganismos nitrificadores y, de este modo, se purifica. Al agua se filtra además a través de un filtro multicapa de carbón activo y arena de cuarzo y se trata adicionalmente con sistemas UV para su desinfección. Solo en el tanque de tiburones circulan un millón de litros de agua en solo una hora, es decir, todo el volumen de agua pasa por el filtro al menos dos veces en una hora. Esto requiere una gran capacidad de filtración, ya que en los acuarios no se pueden utilizar tratamientos con desinfectantes porque podrían dañar a los peces.
Para la circulación del agua se utilizan bombas centrífugas. Estas bombas garantizan un flujo uniforme del agua del mar. Como no tienen piezas metálicas que entren en contacto con el medio, no se pueden liberar metales nocivos al agua que puedan provocar graves problemas, sobre todo a las especies de peces sensibles.
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