Um ein natürliches Umfeld für Meeresbewohner zu schaffen, muss sichergestellt werden, dass die Wasserqualität und der Riffbau im Meeresbiotop stimmt.
Um das Meerwasser sauber zu halten, müssen Rückstände wie Futterreste, Ausscheidungen und Belaststoffe aus dem Wasserkreislauf entfernt werden. Hierfür werden Filteranlagen eingesetzt. Das Wasser fließt über nitrifizierende Mikroorganismen und wird dadurch gereinigt. Durch einen Mehrschichtfilter aus Aktivkohle und Quarzsand wird das Wasser weiter gefiltert und zusätzlich mit UV-Anlagen zur Desinfektion behandelt. Allein im Haitank werden in nur einer Stunde eine Million Liter Wasser umgewälzt, d. h. die gesamte Wassermenge durchläuft innerhalb einer Stunde mindestens zweimal den Filter. Dabei ist eine hohe Filtrationsleistung erforderlich, da eine Aufbereitung mit Desinfektionsmitteln in Aquarien nicht eingesetzt werden kann, weil diese den Fischen schaden könnten.
Für die Umwälzung des Wassers werden Kreiselpumpen verwendet. Diese Pumpen sorgen für einen gleichmäßigen Durchfluss des Meereswassers. Da sie keine medienberührenden Teile aus Metall haben, können auch keine schädlichen Metalle in das Wasser abgegeben werden, was insbesondere bei sensiblen Fischarten zu massiven Problemen führen kann.
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